金关工程（二期）已于2018年2月通过竣工验收，深圳和惠州海关是金关二期加贸系统首批试点地区，于2018年5月切换，至2018年10月切换完成并正式上线运行；拱北关区于2018年11月开始切换，2019年5月切换完成，切换进行中。2019年1月，海关总署发布署企发（2019）4号公告，决定在全国海关推广金关二期加工贸易管理系统，自2019年1月15日到2019年8月1日为切换期，2019年8月1日起停止使用原H2010旧系统，全面切换到金关二期系统。